2024年12月06日，彩票注册送18块生命学科高层次人才培养彩票注册送18块论坛的彩票注册送18块报告会在生命科学馆143会议室顺利举办，此次论坛由生命学科高层次人才彩票注册送18块和生命彩票注册送18块共同支持。彩票注册送18块生物信息学“教育部重点实验室”鲁志教授实验室邀请Salk Institute的徐志超博士，围绕“Modeling the Function of Structural Variants in Human Cancer”这一主题做彩票注册送18块报告。
本次论坛由生命学院鲁志教授实验室的2023级直博生胡开瑞主持。会议伊始，主持人介绍了徐志超教授的彩票注册送18块履历，徐志超教授自彩票注册送18块博士毕业后，在Salk Institute发表了多篇高水平论文，彩票注册送18块成果丰硕。本次报告吸引了众多同学与PI老师前来参与。
主持人宣布报告开始后，徐志超教授展开了主题报告。报告主要内容来自于其发表于2022年Nature杂志上的文章：Structural variants drive context-dependent oncogene activation in cancer。
图 1 徐志超教授做开场白
徐志超教授从其博士阶段的工作引入。重复序列比对在生物信息学中一直是一个巨大的挑战，徐教授利用BAC可以搭载长序列的特性，使用长读长测序成功组装了flouder的序列。在组装结果中发现myod2和dmrt1两个鱼类肌肉发育和性别决定的关键因子在flouder和其他鱼类中高度保守但是其周围基因序列差别很大。这些改变是否会影响邻近基因的表达引起了他的好奇。
图 2 徐志超教授介绍在博后刚开始时的研究思路
带着这个问题，徐教授进入Salk Institute开展博后工作，主要研究领域是肿瘤基因组学。由于肿瘤的高频结构变异导致基因周围序列大量改变，这为研究周围序列结构改变对基因表达影响提供了天然条件。徐志超教授简要介绍了其用于结构变异研究的Hi-C技术。
徐志超教授利用神经网络分析了Hi-C数据中异常基因组拓扑结构域的形成。在之前的肿瘤样本研究中显示，只有14%的非编码区结构变异会引起基因表达的改变。在对92个肿瘤病人样本Hi-C数据分析中也证明了这一点。并且很多结构变异发生在原癌基因附近。但是仍然缺乏手段去证实结构变异对原癌基因表达的影响。因此徐志超教授带领团队使用了神经母细胞瘤系结合CRISPR-Cas9技术建模了原癌基因MYC附近的结构变异事件并且确定了增强子活性及增强子-启动子接触频率改变的结构变异事件对于MYC的激活具有重要影响作用。
徐教授表示尽管该工作揭示了结构变异对于原癌基因表达改变的重要影响，但仍然存在一些问题需要回答。例如目前只有MYC的表达被发现对结构变异具有显著响应，而其他基因并不显著。同时只有部分基因与增强子活性及增强子-启动子接触频率具有正相关性。最后徐教授以其未来研究方向结尾，并欢迎同学前往其实验室做博后研究，一起探索上述未知的奥秘。
图 3 报告精彩瞬间
报告在热烈的掌声中结束。之后老师和同学们踊跃提问，与徐志超教授交流了更多相关的报告内容细节，徐教授一一进行了解答。例如有提问问到两个Hi-C三角形区域中间的矩形表征了什么以及为何需要神经网络判断时，徐教授指出，两个三角形区域中间的矩形代表了两个三角形之间的互作关系，正常来说这个互作相对：挥腥范ǖ男翁虼诵枰褂蒙窬缗卸。
图 4 需要神经网络判断的矩形区域
随后徐志超教授与部分学生一起共进午餐，并就如何平衡干实验与湿实验安排、美国博士及博士后相关政策、在美博士后现状等问题进行了深入交流与探讨。大家收获满满，本次报告会顺利结束。
在此，特别鸣谢彩票注册送18块，彩票注册送18块生命科学学院对此次论坛的大力支持。
图 5 午餐会交流
嘉宾介绍
徐志超教授于2011年获得北京大学生物技术本科学位，而后前往清华生命科学学院并于2017年取得生物科学博士学位，在此期间他利用BAC末端高通量测序技术成功组装了flouder基因组，开发了重复序列比对的方法并且对repeat序列进行了注释和比较分析。之后前往Salk Institute的Jesse Dixon实验室开展博后研究，主要方向为肿瘤基因组学，利用Hi-C及CRISPR-Cas9技术研究了基因组结构变异对其附近基因表达的影响情况。在25年徐志超教授将前往得克萨斯大学休斯顿健康科学彩票注册送18块担任助理教授。
供稿人 胡开瑞 彩票注册送18块生命学院23级博士生
